Dikisahkan Mulder dan Scully kini telah lama pensiun dari FBI. Mereka berdua tinggal serumah dan hidup tenang di sebuah kota kecil. Suatu ketika mereka berdua dimintai tolong oleh FBI untuk mengungkap kasus seorang agen FBI yang hilang secara misterius. Kasus ini juga melibatkan “teman” lama Mulder, Pendeta Joseph, yang memiliki kemampuan supernatural untuk membantu memecahkan kasus tersebut. Sementara Mulder bernostalgia dalam kenangan masa silamnya, Scully yang kini menjadi dokter bedah memiliki masalahnya sendiri dengan salah satu pasiennya yang tengah sekarat. Ketika pihak FBI mulai menyerah, Mulder tetap bersikeras mengungkap kasusnya. Penyelidikan Mulder membawanya ke sebuah sindikat asing yang melakukan uji coba mengerikan pada organ tubuh manusia.
