Spy kids 3-d: game over mengisahkan tentang dua kakak beradik, juni dan carmen cortez, yang dikisahkan menjadi dua agen rahasia cilik. Namun suatu hari, juni tak menginginkan kehidupannya sebagai agen oss lagi setelah menghentikan donnagon untuk mengaktifkan alat emp pada film sebelumnya. Kini juni menjalani kehidupannya yang tenang dan bekerja sebagai detektif pribadi, walaupun gajinya kini tak sebesar gajinya saat bekerja di oss.
