Sinopsis film naruto shippuden the movie: bonds bercerita tentang kondisi desa konoha yang tengah tenang. Namun ternyata hal tersebut tidak bertahan terlalu lama. Karena kondisi yang tenang tersebut lantas berubah menjadi peristiwa yang kacau balau. Hal tersebut disebabkan karena serangan mendadak dari klan ninja langit atau biasa disebut juga klan sora.
Dimana klan sora mengirimkan banyak sekali prajuritnya untuk melakukan serangan besar sekaligus fatal terhadap desa konoha. Padahal selama ini klan sora dianggap sebagai klan yang telah musnah. Hal tersebut disebabkan karena pada perang dunia ninja ketiga, konoha berhasil mengalahkan klan sora hingga hilang. Namun ternyata klan sora tidak pernah benar-benar hilang.
