X-Men bercerita tentang kehadiran para mutan di bumi. Mutan merupakan istilah bagi manusia yang berevolusi pada usia remaja dan menjadi manusia super. Para mutan ini terbagi ke dalam 2 kelompok dengan ideologi yang berbeda. Kelompok pertama adalah kelompok pimpinan Professor Charles Xavier (Professor X) yang disebut sebagai kelompok pro-manusia. Sedangkan yang kedua adalah kelompok pimpinan Mangneto adalah kelompok pimpinan Magneto yang disebut kelompok anti-manusia dan menganggap bahwa kedudukan para mutan berada diatas para manusia.
