Winnie the pooh mengisahkan tentang pooh dan teman-temannya yang berusaha mencari ekor eeyore yang hilang. Kisah berawal dari suatu ketika, di mana pooh (jim cummings), keluar dari rumah untuk mencari madu karena persediaannya telah habis. Namun saat ia keluar rumah, ia menemukan bahwa temannya eeyore (bud luckey) telah kehilangan ekornya. Bersama teman-temannya yang lain yaitu tigger (jim cummings), rabbit (tom kenny), owl (craig ferguson), kanga (kristen anderson-lopez) dan roo (wyatt hall), pooh membantu eeyore untuk mendapatkan ekornya kembali. Christopher robin (jack boulter) pun juga turut membantu, dengan mengadakan sebuah sayembara. Siapa saja yang dapat menemukan pengganti ekor eeyore, akan mendapatkan hadiah berupa sebuah toples madu segar.
Keesokan harinya, pooh pergi untuk mengunjungi christopher, dan di rumahnya, ia menemukan sebuah catatan berbunyi “gon out bizy back soon” (“pergi sebentar, akan pulang lagi nanti”). Karena pooh tak dapat membaca, ia meminta tolong pada owl untuk membacakan catatan tersebut untuknya. Namun owl, yang tidak memiliki kemampuan baik dalam membaca, salah mengartikan catatan tersebut hingga pooh dan kawan-kawannya berpikir bahwa christopher telah diculik oleh seorang monster yang kejam bernama “backson”. Rabbit kemudian berencana untuk menjebak backson ke dalam sebuah pembuangan limbah, di mana backson nantinya akan terjatuh dan hanyut bersama pembuangan lainnya.
Sementara itu, tigger, menginginkan cenayang untuk membantunya melawan backson, memilih eeyore dan mendandani eeyore seperti backson, serta mengajarinya untuk bertarung. Eeyore, yang sebenarnya tak ingin menjadi rekan bertarung tigger, kabur dan bersembunyi di bawah air.
Setelah beberapa usaha yang gagal untuk memperoleh madu dari sarang lebah, pooh yang lapar dan kemudian berimajinasi memakan lumpur dan kemudian tak sengaja jatuh ke dalam pembuangan yang dimaksudkan untuk backson. Rabbit, kanga, roo, owl dan eeyore mencoba membantu pooh keluar, namun semuanya terjatuh. Piglet (travis oates) dan tigger, yang sebelumnya terlibat kejar-kejaran, akhirnya jatuh juga ke dalam pembuangan. Namun pada akhirnya, semuanya berhasil keluar.
Beberapa hari setelahnya, pooh mengunjungi owl dan mendapati bahwa rupanya owl-lah yang mengambil ekor eeyore, tanpa tahu bahwa itu adalah milik eeyore. Ekornya digunakan sebagai penarik kenop untuk pintu rumahnya. Film winnie the pooh berakhir saat pooh kemudian memutuskan untuk mengembalikan ekor tersebut pada eeyore, dan ia pun mendapatkan setoples besar madu dari christopher.