Underworld: awakening menceritakan tentang seorang vampir, selene, yang ditangkap oleh bangsa manusia di tengah perang ‘the purge’, sebuah perang untuk membunuh semua vampir dan lycan setelah manusia menyadari keberadaan mereka. Dua belas tahun kemudian, pemerintah bangsa manusia menggencarkan usaha untuk memberantas semua vampir dan lycan. Sembilan puluh persen populasi vampir telah dibunuh saat selene berhasil kabur dari sebuah sel di antigen, sebuah perusahaan medis. Perusahaan tersebut sedang mengembangkan sebuah antidot untuk virus yang menciptakan vampir dan lycan.
Setelah kabur, selene mulai mendapatkan penglihatan. Di penglihatannya, ia menemukan seorang anak perempuan yang disebut sebagai subyek 2 alias eve, yang rupanya merupakan anak dari selene dan michael, kekasih selene. Eve kemudian diselamatkan oleh selene dan david, temannya, namun eve terluka oleh para lycan dan tak kunjung sembuh. Namun setelah eve diberikan darah vampir, ia menjadi sembuh dengan cepat.
Bersamaan dengan itu, dr. Jacob lane, direktur dari antigen, rupanya merupakan seorang lycan, dan sama halnya dengan anak laki-lakinya, quint. Antidot yang selama ini dikembangkan di antigen rupanya justru dapat membuat para lycan kebal terhadap efek mematikan dari silver, serta meningkatkan kemampuan fisik mereka. Eve yang terlahir dari kode genetik buatan dibutuhkan untuk mengembangkan antidot ini, sehingga lane mengirim beberapa orang suruhan untuk menculik eve kembali.
Bangsa vampir pun diserang oleh para lycan untuk merebut kembali eve. Saat pertarungan terjadi, selene bertemu dengan seorang lycan super yang rupanya adalah quint, yang menginjeksi dirinya sendiri dengan darah eve. Selene yang kemudian memberikan darah abadinya pada david kemudian berhasil kabur bersama eve. Setelah itu, selene meminta bantuan pada seorang manusia bernama sebastian, yang merupakan seorang detektif untuk menyelidiki antigen. Sebastian pun setuju untuk menolong selene karena istrinya yang menjadi seorang vampir setelah digigit oleh salah satu pasiennya dibunuh oleh pemerintah dengan membakarnya menggunakan sinar matahari.
Setelah itu, selene, eve dan david pun berencana untuk menjatuhkan lawan-lawannya dan menghancurkan markas antigen. Di sana, selene bertemu dengan michael yang tak sadarkan diri di dalam sebuah sel, dan menghancurkan sel tersebut agar michael dapat keluar. Namun di akhir cerita, selene mendapati sel yang telah hancur tersebut kosong dan tak dapat menemukan michael. Selene pun berjanji untuk menemukan michael kembali dan membangun kembali bangsa vampir di tengah perang yang dideklarasikan oleh manusia.
