Sam flynn yang sudah besar melacak ayahnya dengan bantuan Alan bradley partner ayahnya , Sam pergi ke Grid untuk mencari ayahnya yang hilang , ia ditangkap oleh pasukan Clu (kloningan ayahnya), ia disangka adalah sebuah program liar yang belum mempunyai cakram , setelah sampai arena games , ia ditempelkan sebuah cakram yang berisi memori dirinya sendiri , setelah pemasangan ia mengikuti kompetisi agar bisa mencari ayahnya.
Di kompetisi pertama yaitu lempar Cakram , Sam masih mengira bahwa kompetisi itu mudah tetapi tidak setelah melihat beberapa orang yang kalah harus mati , Sam melakukan pelanggaran dan melawan Rinzler , Sam nyaris mati karena terkena cakram Rinzler , Rinzler menolak untuk membunuh Sam lau Rinzler membawa Sam Ke Clu , Sam mengira Clu adalah ayahnya tetapi tidak setelah Clu mengajaknya bermain Lightcycle , Sam dan Timnya kalah tetapi tidak setelah ia diselamatkan Program perempuan bernama Quorra , Sam diajak ke tempat ayahnya , setelah berhasil menemukan ayahnya . Sam , Kevin & Quorra mencoba melarikan diri dari Grid , Clu yang menghadang berhasil mengambil Cakram Kevin untuk membuka portal ke bumi, dengan ketangkasan Sam , Sam berhasil mengambil Cakram ayahnya dan pergi menggunakan rampasan pesawat . pesawat itu dikejar oleh Clu dan pasukannya , saat Rinzler ingin menembak Kevin tanpa disadari Rinzler berubah menjadi Tron dan menghadang Clu sampai Tron terjatuh dan mati.
Setelah sampai di portal Sam , kevin dan Quorra dihadang Clu sendirian , Clu mengambil cakram Kevin dan membiarkan Sam dan Quorra pergi. Tanpa disadari ternyata Clu telah mengambil cakram Quorra yang telah ditukar Kevin , Sam dan Quorra akhirnya berhasil ke bumi dan membiarkan Kevin menghadang Clu , dengan kekuatan abadinya didunianya Kevin berhasil menghancurkan Clu dan Grid . Pada Epilog Sam yang bertemu dengan Quorra dalam bentuk manusia berjalan-jalan dengan Motor Ducati Sam dan melihat matahari terbit
