Elisa Esposito (Sally Hawkins) adalah seorang wanita cakap dan cerdas yang bisu karena cedera yang dideritanya ketika ia masih bayi. Ia ditemukan di sungai ketika ia masih bayi dan dibesarkan sebagai anak yatim piatu. Ia berkomunikasi menggunakan Bahasa Isyarat Amerika. Ia bekerja di shift malam sebagai petugas kebersihan di Occam Aerospace Research Center di Baltimore, Maryland selama Perang Dingin pada awal tahun 1960-an. Ia tinggal di sebuah apartemen di atas gedung teater, tempat ia melakukan kegiatan sehari-hari. Sebelum berangkat kerja, ia menyiapkan telur rebus untuk bekal makan siangnya, lalu mandi sebelum timer telur berbunyi.
Ia berteman dengan seorang seniman paruh baya dan tertutup, Giles (Richard Jenkins), yang tinggal di apartemen sebelah, dan Zelda Fuller (Octavia Spencer), rekan kerjanya sekaligus penerjemah bahasa isyaratnya.
Suatu hari, fasilitas tersebut mendapat kiriman yang berisi makhluk di sebuah tangki yang telah ditangkap oleh Kolonel Richard Strickland (Michael Shannon) yang kasar dan kejam dari sungai di Amerika Selatan. Richard menyebut makhluk itu sebagai "Aset" (Doug Jones). Ketika terjadi kekacauan, makhluk itu menggigit dua jari Richard dan Elisa membersihkan darah Richard yang tercecer di lantai. Segala upaya dilakukan untuk memasang kembali jari Richard, namun akhirnya gagal.
Setelah Elisa melakukan pertemuan singkat dengan Aset, ia menemukan makhluk amfibia-humanoid dan mulai menyelinap ke ruangan di mana Aset ditahan dengan borgol dan rantai berlogam berat. Elisa diam-diam menghabiskan waktu dengan Aset, memberinya telur rebus dan berbagi musik big band karya Benny Goodman dan musisi lainnya melalui rekaman yang dimainkan di fonograf portabel. Seiring waktu, keduanya mulai saling percaya dan menjadi teman, meski tidak bisa berbicara. Elisa berkomunikasi dengan Aset melalui bahasa isyarat.
Atasan Richard, Jenderal Hoyt (Nick Searcy), tertarik pada anatomi Aset dan ingin membedah tubuhnya untuk penelitian dan memajukan teknologi perjalanan luar angkasa. Salah satu ilmuwan pusat tersebut, Robert Hoffstetler (Michael Stuhlbarg), yang sebenarnya adalah mata-mata Uni Soviet bernama Dmitri, memohon kepada Hoyt dan Richard untuk menjaga makhluk itu tetap hidup untuk dipelajari lebih lanjut. Permintaan Robert ditolak, namun Elisa telah mendengar semua percakapan mereka. Sebagai tambahan, spionom rahasia Robert memerintahkannya untuk melakukan eutanasia terhadap makhluk itu untuk mencegah peneliti Amerika dan mendapatkan keuntungan dari ilmuwan Uni Soviet.
Dengan putus asa dan takut, Elisa meyakinkan Giles untuk membantu melepaskan Aset pada hari yang dijadwalkan untuk dibedah. Sementara itu, ketika Robert bingung apa yang harus dilakukan, ia mengetahui rencana Elisa untuk melarikan diri dengan Aset dan memutuskan untuk membantu mereka. Ketika Elisa bertemu dengan Zelda yang cerewet, Elisa terpaksa mengungkapkan keberadaan Aset dan rencananya dan makhluk itu melarikan diri dengan bantuan Robert.
Elisa menempatkan Aset di bak mandi apartemennya, membuatnya tetap sehat dan hidup dengan menggunakan air khusus berbahan kimia yang diselundupkan oleh Robert. Ketika Elisa naik bis untuk bekerja, Elisa melihat dengan penuh curiga pada hujan di jendela dan ia tampaknya bisa mengendalikan air dengan gerakan tangannya. Malam berikutnya, Richard menginterogasi Elisa dan Zelda, namun dengan cepat ia mengubah kecurigaannya karena pekerjaan kasar mereka.
Saat Giles terus mengawasi Aset di bak mandi, ia tertidur. Aset kemudian membunuh dan memakan salah satu kucing Giles, namun ia khawatir ia akan ditemukan sehingga ia menghilang setelah mencakar lengan Giles dan bersembunyi di gedung teater. Setelah Elisa menemukan, menenangkan dan mengembalikan Aset ke apartemennya, Elisa dan Giles mengetahui bahwa Aset menjadi luminesensi saat disentuh. Keesokan paginya, Giles, yang dulu botak, menemukan rambutnya tumbuh kembali dan bekas luka di lengannya benar-benar hilang. Elisa dan Aset semakin dekat dan melakukan hubungan seks untuk pertama kalinya.
Mengetahui bahwa Aset tidak dapat tinggal selamanya di apartemennya, Elisa terpaksa berencana untuk melepaskannya dalam beberapa hari ke kanal terdekat tanpa diketahui banyak orang dan bisa berenang ketika hujan membanjiri kanal. Elisa membanjiri apartemennya dan berhubungan seks dengan Aset. Sementara itu, Hoyt mengancam pekerjaan dan kehidupan Richard jika dia tidak menemukan Aset yang hilang dalam waktu 36 jam. Di saat yang sama, spionom Robert curiga bahwa Robert tidak membunuh Aset seperti yang dijanjikan dan mungkin telah menyembunyikannya sebagai gantinya. Mereka terpaksa memberitahu Robert bahwa ia akan "diekstraksi" dua hari lagi.
Tidak mampu menyediakan air khusus berbahan kimia yang dibutuhkan Aset untuk bertahan hidup, Elisa dan Giles telah melihat kesehatan Aset memburuk, memaksa mereka untuk bertindak. Waktu pelepasan Aset semakin dekat saat hujan deras tiba. Richard diam-diam mengikuti Robert dalam pertemuannya dengan dua spionomnya. Mereka akan menembak Robert, namun sebelum mereka bisa menyelesaikan pekerjaan, Richard membunuh mereka. Hubungannya dengan Uni Soviet terungkap, Robert disiksa oleh Richard untuk memberikan informasi tentang siapa yang menyelamatkan Aset. Robert memberitahu tentang Elisa dan Zelda, lalu ia ditinggal mati oleh Richard karena luka-lukanya.
Richard kemudian memaksa masuk ke rumah Zelda dan mengancamnya saat ia mencari lebih banyak informasi, membuat suami Zelda yang ketakutan mengungkapkan hubungan Elisa dengan pelariannya. Menelusuri apartemen kosong Elisa, Richard menemukan sebuah catatan di kalendernya yang mengungkapkan lokasi yang mungkin dikunjungi oleh Elisa.
Di tepi kanal, Elisa dan Giles memberi ucapan selamat tinggal kepada Aset, namun Richard tiba-tiba datang. Ia memukul Giles dan menembak Aset dan Elisa untuk menghentikan mereka melarikan diri. Giles menghalangi Richard, sementara Aset dapat menyembuhkan luka tembaknya sendiri sebelum mencakar tenggorokan Richard. Saat Zelda dan polisi tiba di tempat kejadian, Aset menarik Elisa ke kanal, di mana Aset menggunakan kemampuannya untuk menyembuhkan luka Elisa dan mengubah bekas luka di sisi leher Elisa menjadi insang, memberinya kemampuan untuk bernapas di bawah air dan membiarkan mereka melarikan diri bersama.
