Saat pasukan Imperialis merayakan kemenangannya di Pertempuran Toba-Fushimi, Hitokiri Battōsai memutuskan untuk berhenti menjadi hitokiri dan ia pun meninggalkan pedangnya tertancap di tanah. Namun, katana milik Battōsai tersebut diambil alih oleh hitokiri lainnya, Udo Jin-e. Satu dekade kemudian, Saitō Hajime dan para polisi lainnya menginvestigasi pembunuh dari seorang agen polisi yang diduga dibunuh oleh Battōsai. Tapi Saitō tidak yakin dan menduga bila itu semua adalah ulah dari Takeda Kanryū, seorang pengusaha jahat yang memproduksi dan menyebarkan opium. Sementara itu, Hitokiri Battōsai (sekarang memanggil dirinya sebagai Himura Kenshin) tiba di Tokyo. Di jalanan, ia bertemu dengan Kamiya Kaoru, pemilik sekolah Kendo peninggalan ayahnya. Karena nama dojo keluarganya telah dinodai oleh salah satu Battōsai, ia menyerang Kenshin karena meyakini bahwa ia adalah pembunuh yang terkenal itu, namun Kenshin mengatakan bahwa ia adalah seorang pengembara dan hanya berpedang sakabatō ("pedang mata terbalik").
Ditempat lain, seorang wanita bernama Takani Megumi dipaksa membuat opium untuk Takeda Kanryū, namun ia kabur dan meminta perlindungan kepada polisi. Udō Jin-e yang berada dibawah komando Kanryū segera memburu Megumi dan menghabisi setiap orang yang ada di kantor polisi. Untungnya, Megumi dapat lolos dalam kekacauan tersebut. Saat mencari Megumi, Jin-e bertemu Kaoru di jalan yang menentangnya untuk bertarung. Kaoru yang hanya berpedang kayu dan memiliki kemampuan jauh dibawah Jin-e kalah dan hampir terbunuh, beruntung Kenshin muncul dan menyelamatkannya. Jin-e langsung menyadari identitas tersembunyi Kenshin sebagai Battōsai sebelum rombongan polisi menyerbu mereka, sehingga Kenshin dan Kaoru memiliki kesempatan untuk kabur. Kaoru membawa Kenshin ke dojonya agar selamat.
Lalu, segerombolan preman Takeda Kanryu mendatangi dojo untuk mengambil alih. Setelah membuka jati dirinya sebagai mantan Battōsai, Kenshin mengalahkan semua preman tanpa membunuh satu pun dari mereka sebelum akhirnya polisi datang. Kenshin menyalahkan dirinya atas insiden tersebut dan menyerahkan dirinya untuk menyelamatkan dojo Kaoru. Segera, Saitō mengenalinya dan melepaskannya. Di luar, ia disambut oleh Kaoru yang yakin bahwa Kenshin bukanlah Battōsai yang telah mencemarkan nama baik dojonya dan ia membawa Kenshin kembali ke dojo. Kenshin lalu berteman dengan Kaoru dan satu-satunya murid laki-laki bernama Myōjin Yahiko.
Masih berlarian dijalan untuk menyelamatkan hidupnya, Megumi lari dan bertemu Yahiko yang menyelamatkannya dan membawanya ke dojo dan memperkenalkannya pada Kenshin dan Kaoru. Kaoru membawa semuanya untuk makan sukiyaki di restoran Akabeko, lalu Kanryu datang dan bermaksud menjadikan Kenshin sebagai anak buahnya namun ia menolaknya dengan sopan. Disini ia ditantang oleh Sagara Sanosuke untuk bertarung mendapatkan pekerjaan tersebut. Malam hari itu, Jin-e melakukan pembantaian dan menyisakan banyak mayat korban. Esok harinya, Kenshin melihat para polisi yang sibuk menginvestigasi mayat korban pembunuhan Battōsai. Ia melihat seorang wanita berlari sambil menangis ke arah salah satu mayat, membuatnya kembali terkenang pada saat yang sama saat ia masih menjadi Battōsai, dimana saat itu pria yang dibunuhnya meninggalkan bekas luka di wajahnya. Kemudian pada malam itu, seorang pria bertopeng yang bekerja untuk Kanryū memperingatkan Megumi pada bahaya yang akan datang.
Hari berikutnya, orang-orang di sekitar dojo keracunan karena air sumur yang terkontaminasi racun tikus. Megumi menyangka ini adalah perbuatan Kanryū lalu ia segera mengobati mereka semua. Marah terhadap Kanryu, megumi berniat untuk membunuhnya, tapi gagal dan ia malah dijadikan tawanan. Kenshin dan Sanosuke menyerang mansion Kanryū untuk menyelamatkan Megumi. Saitō membantu mereka untuk menundukkan Kanryū yang bersenjata Senapan Gatling. Mereka berhasil menyelamatkan Megumi, namum menyadari bahwa Jin-e, si Battōsai palsu sekaligus anak buah Kanryū, telah menculik Kaoru. Kenshin mengejar Jin-e. Untuk lebih memancing Kenshin, ia menggunakan jurus spesialnya untuk melumpuhkan paru-paru Kaoru dan hanya bisa digagalkan dengan membunuh Jin-e. Setelah pertempuran yang cukup menyita waktu, akhirnya Kenshin dapat mengungguli Jin-e dengan tekhnik Batto-Jutsu miliknya dan menghancurkan sikut kanan Jin-e. Demi menyelamatkan Kaoru, Kenshin berniat untuk membunuh Jin-e. Kaoru lalu kembali bernafas dan menghentikan niat Kenshin. Akhirnya, Jin-e menusuk dirinya sendiri.
Kenshin yang lelah dan terluka, menggendong Kaoru menuju dojo. Mereka beristirahat dan dijaga oleh Yahiko dan Megumi. Setelah bangun tidur, Kaoru tidak melihat Kenshin, lalu ia lari mencarinya. Ternyata ia menemukan Kenshin di depan rumah sedang membawa sekeranjang sayur-sayuran, Kaoru sempat takut Kenshin pergi darinya, kemudian ia tersenyum dan mengucapkan 'selamat datang kembali, Kenshin.
