Pan’s labyrinth menceritakan tentang seorang wanita yang kabur dari spanyol pada tahun 1944 yang pada akhirnya menemukan dunia fantasi yang sebenarnya adalah dunianya. Film dimulai dengan cerita dari seorang narator yang tak terlihat. Ia menceritakan tentang sebuah kerajaan bawah tanah yang di dalamnya tanpa kebohongan atau sakit. Dulu putri muda dari kerajaan ini melarikan diri. Ia penasaran untuk melihat dunia di atas. Ia dibutakan oleh sinar matahari cerah yang mengakibatkan semua kenangan masa lalunya menjadi terhapus. Dia menyerah pada alam sebagai ketidakmampuannya untuk beradaptasi dengan lingkungan barunya. Ia tak berdaya. Ayahnya, raja, tetap berharap bahwa putrinya akan kembali ke kerajaan suatu hari nanti.