My name is Khan bercerita tentang sosok Rizwan Khan, seorang muslim India yang sejak lahir menderita Sindrom Asperger (Asperger syndrome), sebuah gejala autisme dimana para penderitanya memiliki kesulitan dalam berkomunikasi dengan lingkungan sekitar.
Uniknya penderita sindrom ini memiliki IQ yang relatif tinggi sehingga dianggap cerdas walau terkadang minim emosi layaknya manusia normal. Bersama sang ibu yang janda , Rizwan tinggal bersama adiknya Zakir Khan di wilayah kumuh Borivali-Mumbai.
Pada usia 18 tahun, sang adik mendapatkan beasiswa untuk belajar di Amerika Serikat. Tidak berapa lama kemudian sang ibu meninggal dunia karena sesak nafas, sebelum menghembuskan nafas terakhirnya, sebuah pesan diberikan untuk Rizwan, sang ibu berpesan padanya untuk terus mengejar kebahagiaannya sendiri.
Zakir lalu memboyong Rizwan untuk tinggal bersamanya di San Fransisco dan memberikan pekerjaan sebagai sales obat kecantikan di perusahaannya. Istri Zakir, Haseena seorang dosen psikologi adalah orang pertama yang merasakan “keanehan” tingkah Rizwan.Dari situ akhirnya dideteksi kalau Rizwan menderita Sindrom Asperger. Lewat sejumlah terapi, Rizwan akhirnya bisa hidup mandiri di San Fransisco yang keras sebelum akhirnya jatuh cinta dengan Mandira (Kajol), janda beranak satu yang membuka salon kecantikan di San Fransisco.
Bagi Rizwan, sosok Mandira adalah salah satu bentuk kebahagiaan yang selama ini dicarinya seperti pesan sang ibu sebelum meninggal. Walaupun sempat ditentang oleh sang adik karena perbedaan agama antara Rizwan yang muslim dengan Mandira yang Hindu, namun pernikahan mereka berjalan harmonis.
Kehidupan keluarga yang harmonis antara Rizwan, Mandira dan sang anak semata wayang mereka, Sameer berubah total saat sejumlah teroris yang mengatasnamakan agama dan suku menyerang menara kembar World Trade Center di New York pada September 2001.
Sebuah peristiwa memilukan kemudian terjadi dalam keluarga kecil Rizwan dimana mereka harus kehilangan Sameer yang dibunuh secara sadis oleh teman sekolahnya karena isu rasial. Akibat menolong sahabat akrab nya yang di hina.
Mandira yang terpukul lalu mengusir Rizwan. Mandira mengultimatum Rizwan untuk tidak boleh kembali sebelum dia memberitahu Presiden Amerika Serikat bahwa dirinya bernama Khan dan bukan teroris.
Rizwan yang putus asa karena harus berpisah dengan orang yang dicintainya. Dalam perjalanannya melanglang buana, Khan sempat tinggal selama beberapa hari di sebuah kampung negro-kristen di Georgia. Perjalanannya berlanjut dan pada suatu kesempatan ketika ada iring-iringan mobil George Bush, Khan nekat berteriak: “My Name is Khan, and I’m not a terrorist!”. Kontan teriakan “terrorist” ini membuat ia menjadi pusat perhatian kamera dan pasukan pengamanan presiden. Khan akhirnya ditangkap, disiksa, diinterogasi dan dijebloskan ke penjara. Untungnya ada satu kantor berita muslim yang simpatik dengan Khan dan menuliskan bahwa ia sebenarnya tidak bersalah. Berita seputar Khan ini sampai juga ke telinga Mandira yang kemudian menolong Khan dan membebaskanya dari penjara.
Badai Katrina yang melanda Georgia menggerakkan Khan untuk menolong para korban, padahal bantuan dari pemerintah saja belum mencapai wilayah itu. Ia menolong para korban di rumah sakit, memperbaiki gereja, dan membantu pembangunan kembali daerah itu. Aksinya diliput oleh wartawan yang simpatik tadi. Akhirnya tindakan heroic(kepahlawanan) ini diliput dan dibahas secara luas di media-media terkemuka di Amerika. Dalam sekejap Risvan Khan menjadi newsmaker.
Pada saat yang sama, Reese mengaku Mandira dan mengungkapkan identitas anak laki-laki yang membunuh Sam. Dia menginformasikan Detektif Garcia yang telah membantunya dalam kasus ini, dan Garcia Detektif penangkapan mereka. Mandira kemudian mendapat panggilan dari Sarah untuk memaafkan Rizwan, “Aku kehilangan suamiku, jangan kehilangan dia.”
Mandira menyadari kesalahan, dia bergabung Rizwan di Georgia dan menyalakan kembali cinta mereka. Namun pada saat ia tiba, Rizwan ditusuk oleh seorang pengikut Faisal Rahman , menuduhnya sebagai pengkhianat Islam, dan Rizwan segera dibawa ke rumah sakit. Dengan bantuan Mandira itu, Rizwan bertahan dan memenuhi Presiden-terpilih Barack Obama yang mengatakan kepadanya: “Nama Anda adalah Khan dan Anda bukan teroris”. Film ini diakhiri dengan Rizwan dan Mandira akan kembali ke rumah.
