Ligth berhasil bergabung dengan tim investigasi L. ia harus membuktikan pada L bahwa dia bukan Kira. menerima Light sebagai anggotanya agar dapat mengenal dan membuktikan kecurigaannya. Mereka menyelidiki Kira 2. Light dapat menemukan Kira II terlebih dahulu karena Misa adalah penggemarnya. Misa meminta Light menjadi pacarnya dan ia setuju. Light berhasil menyita buku death note Misa. Light yang tahu kemampuan Misa ingin menggunakannya untuk membunuh L. Ia belum berhasil mengetahui nama asli L. ketika L dan Misa bertemu, Misa ditangkap oleh L dan disekap di kantor rahasia L. Seluruh tim investigasi L tidak setuju dengan cara kerja L. Tapi penyekapan tetap berjalan sampai selesai. Misa tetap bungkam dan tidak mau makan. Kepada Shinigami Rem, Misa meminta ingatannya dihapus. Ia tidak ingin mengkhianati Light. Rem menghapus memori Misa tentang dirinya namun tidak menghapus ingatan akan cintanya.
